„Keine Gemeinde soll über andere Gemeinden, kein Pastor über andere Pastoren, kein Ältester über andere Älteste, kein Diakon über andere Diakone den Vorrang oder die Herrschaft beanspruchen, sondern sie sollen lieber dem geringsten Verdacht und jeder Gelegenheit aus dem Wege gehen.“ So lautete der erste Paragraph der neuen Kirchenordnung, die von den 29 Teilnehmenden der Emder Synode im Oktober 1571 im heute niedersächsischen Emden unterzeichnet wurde.
Die in Emden entwickelte Kirchenordnung fand bald eine große Verbreitung. Ihre in lateinischer Sprache verfassten Beschlüsse wurden übersetzt und in weiteren Synoden bestätigt und beschlossen. Sie bildete einen Grundstein der heutigen presbyterialsynodalen Ordnung. Die Gemeinden sollten möglichst frei über ihre Angelegenheiten entscheiden können, erst wenn es übergreifenden Regelungsbedarf gibt, sollte eine nächste Instanz eingeschaltet werden. Dies bedeutete eine klare Abkehr vom hierarchischen Prinzip.
Der gemeinsame Beschluss schuf zugleich eine Einheit zwischen den einzelnen niederländischen Gemeinden, die durch Vertreibung in England und Deutschland verstreut waren. In Emden gab es in dieser Zeit viele Religionsflüchtlinge, sie sollen die Hälfte der Bevölkerung ausgemacht haben. Der Beginn wurde auf Anfang Oktober festgelegt, um im Schutz des gleichzeitig stattfindenden Herbstmarktes unbemerkt anreisen zu können. Auf Vertreter englischer Gemeinden wartete man indes vergeblich, sie haben vermutlich keine Genehmigung zur Ausreise erhalten.